Y-tyypin molekyyliseuloilla on läheinen pakattu kuusikulmainen rakenne, joka on samanlainen kuin timantti. Jos beetahäkkiä käytetään rakenneyksikkönä timantin hiiliatomissolmujen korvaamiseen ja kaksi vierekkäistä beetahäkkiä on kytketty kuusikulmainen pylväshäkkiin, toisin sanoen viisi beetahäkkiä on kytketty yhdessä neljän kuusikulmainen pylväshäkki, joista yksi beeta -häkki sijaitsee keskellä ja loput neljä beeta -häkkiä, joka sijaitsee TETHRAHED -TETRAHED -TETRAHE -CREEDRE -CREEDRE - rakenne muodostuu. Jatkamalla yhteydenpitoa tähän rakenteeseen saadaan Y-tyyppinen molekyyliseula rakenne. Tässä rakenteessa β-häkin ja kuusikulmainen pylväshäkki muodostettu suuri häkki on kahdeksanpuolinen zeoliittimäkki, ja niiden toisiinsa liittyvät ikkunanreiät ovat kaksitoista binaarirengasta, joiden keskimääräinen tehokas huokoskoko on 0,74 nm, mikä on Y-tyyppisen molekyylisen seulan huokoskoko. X -tyyppinen molekyyliseula ja Y -tyyppinen molekyyliseula rakenne on täsmälleen sama, mutta Y -tyyppinen molekyyliseula piidioksidialumiinisuhde on korkea, hydroterminen stabiilisuus on vahva, joten sitä käytetään laajemmin.
